慶長５（１６００）年、関ケ原の合戦で西軍に参戦し、敗残兵となった新免武蔵（市川新之助）と本位田又八（堤真一）は、お甲（かたせ梨乃）・朱実（内山理名）母娘に雇われ、野盗の辻風一味と戦う。そのころ、越前の国では、天才剣士・佐々木小次郎（松岡昌宏）が師の命令で許嫁・八重（仲間由紀恵）の父をやむなく斬る。国を逃れた小次郎は道中、謎めいた女性・お篠（宮沢りえ）と出会う。

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